2010年,飞来峡镇划归清城区管辖后全县辖太和、山塘、太平、三坑、禾云、龙颈、浸潭、石潭等共8个镇和笔架林场。共186个村委会,20个居委会,3336个村民小组。
清新县(清郊区)的行政区域经历了多次变更。1988年1月,原清远县除清城、附城、洲心3个镇外,其余25个镇归清郊区管辖。1988年6月,原属清郊区管辖的高田、回澜、山塘、太平、秦皇、三坑、石角、龙塘、源潭、江口、升平、高桥12个镇和银盏、华侨、天堂3个农林场,以及飞霞管理区划给清城区管辖;清郊区设立太和镇,管辖原属清城区清城镇的黄坑、乐园、周田3个村委会。调整后,清郊区管辖太和、珠坑、鱼坝、禾云、石马、南冲、龙颈、石坎、沙河、新洲、浸潭、石潭、白湾、桃源等14个镇和笔架林场。全区所辖面积1875平方公里,164个村民委员会,13个居民委员会,2434个村民小组,总人口约35万人。
1989年1月,市委、市政府决定,原由清城区管辖的回澜、三坑、太平、山塘、秦皇、江口、高田、高桥、升平、华侨农场共10个镇场划归清郊区管辖,同年
2002年5月,撤销秦皇镇,原秦皇镇管辖的行政区域并入太平镇;撤销回澜镇,原回澜镇的回澜居委会和飞水、井塘、白莲、塔脚、滘星、新洲、万群、万星、五星9个村委会的行政区域并入太和镇,回正、低地、大湾3个村委会的行政区域并入山塘镇。2003年6月,撤销珠坑镇、清侨镇、新洲镇,分别并入龙颈镇、江口镇、沙河镇。2003年9月,白湾镇正式并入石潭镇。2003年末,全县设太和、升平、高田、江口、山塘、太平、三坑、禾云、石马、南冲、龙颈、石坎、沙河、鱼坝、浸潭、石潭、桃源共17个镇和笔架林场。全县所辖面积2725平方公里,共282个村委会,31个居委会,3889个村民小组。总人口696219人。
2004年5月,县撤销江口镇、升平镇、高田镇,合并设立飞来峡镇。调整后,飞来峡镇管辖原江口镇、原升平镇和原高田镇的行政区域范围,总面积360.4平方公里,总人口70353人,镇政府驻原升平镇政府驻地;撤销石马镇、南冲镇、石坎镇,将其行政区域并入龙颈镇。调整后,龙颈镇管辖原石马镇、原南冲镇、原石坎镇和原龙颈镇的行政区域范围,总面积583.7平方公里,总人口111281人,镇政府驻原龙颈镇政府驻地;撤销鱼坝镇、沙河镇,将其行政区域并入禾云镇。调整后,禾云镇管辖原鱼坝镇、原沙河镇和原禾云镇的行政区域范围,总面积449.15平方公里,总人口110627人,镇政府驻原禾云镇政府驻地;撤销桃源镇,将其行政区域并入浸潭镇。调整后,浸潭镇管辖原桃源镇和原浸潭镇的行政区域范围,总面积464.9平方公里,总人口98915人,镇政府驻原浸潭镇政府驻地。2004年年末,全县设太和镇、山塘镇、太平镇、三坑镇、飞来峡镇、禾云镇、龙颈镇、浸潭镇、石潭镇等共9个镇和笔架林场。全县所辖面积2725平方公里,共207个村委会,27个居委会,3917个村民小组,总人口700562人。2009年3月,飞来峡镇正式划归清城区管辖。